Sažetak
Kako predvidjeti trodimenzionalnu strukturu proteina, ako je poznat samo aminokiselinski slijed, jedno je od najvećih današnjih znanstvenih izazova. Informacijska tehnologija, tj. bioinformatika, razvila je alate koji bi mogli dovesti do rješenja ovog problema. Međutim, poteškoće kao što su velik broj ne-klasificiranih bioloških podataka zajedno s malim brojem kristalografski poznatih 3D struktura ograničavaju bioinformatička istraživanja i naglašavaju potrebu za strogom kontrolom dobivenih rezultata. Ovo posebno vrijedi za integralne membranske proteine čija je velika medicinska i biološka važnost u nesrazmjeru s malim broj poznatih trodimenzionalnih struktura. Na primjeru prvog hrvatskog bioinformatičkog poslužitelja SPLIT (http://split.pmfst.hr/split/) opisat će se način razvijanja bioinformatičkih alata. Program SPLIT modeliranjem hidrofobnosti ili statističkih sklonosti aminokiselinskih ostataka predviđa transmembranske domene integralnih membranskih proteina. Osnova predviđanja su konformacijski profili izračunati preko sklonosnih funkcija. Usporedba algoritama s već priznatim bioinformatičkim alatima pokazala je da je program SPLIT u samom vrhu skupine najboljih prediktora transmembranskih domena u svijetu.
