Biofizika

PREDIKTOR SPLIT Od aminokiselinskog slijeda do sekundarne strukture

1. prosinca 2004.

Predavač

mr.sc. LARISA ZORANIĆ
Fakultet prirodoslovno-matematičkih znanosti i odgojnih područja, Split

Datum i vrijeme

Ponedjeljak, 13. prosinca 2004. u 16:00 sati

Lokacija

Predavaonica, I krilo, Institut Ruđer Bošković, Bijenička 54, Zagreb

Sažetak

Kako predvidjeti trodimenzionalnu strukturu proteina, ako je poznat samo aminokiselinski slijed, jedno je od najvećih današnjih znanstvenih izazova. Informacijska tehnologija, tj. bioinformatika, razvila je alate koji bi mogli dovesti do rješenja ovog problema. Međutim, poteškoće kao što su velik broj ne-klasificiranih bioloških podataka zajedno s malim brojem kristalografski poznatih 3D struktura ograničavaju bioinformatička istraživanja i naglašavaju potrebu za strogom kontrolom dobivenih rezultata. Ovo posebno vrijedi za integralne membranske proteine čija je velika medicinska i biološka važnost u nesrazmjeru s malim broj poznatih trodimenzionalnih struktura. Na primjeru prvog hrvatskog bioinformatičkog poslužitelja SPLIT (http://split.pmfst.hr/split/) opisat će se način razvijanja bioinformatičkih alata. Program SPLIT modeliranjem hidrofobnosti ili statističkih sklonosti aminokiselinskih ostataka predviđa transmembranske domene integralnih membranskih proteina. Osnova predviđanja su konformacijski profili izračunati preko sklonosnih funkcija. Usporedba algoritama s već priznatim bioinformatičkim alatima pokazala je da je program SPLIT u samom vrhu skupine najboljih prediktora transmembranskih domena u svijetu.

prethodni članak
Regional Biophysics Meeting 2005

sljedeći članak
Learning the Parts of Objects by Nonnegative Matrix Factorization